Pada Tahun 1978 Departemen Kesehatan Rl mendirikan lembaga Sekolah Perawat Kesehatan (SPK). SPK adalah sekolah menengah kejuruan setingkat SMU yang mencetak tenaga-tenaga keperawatan. Lembaga ini secara operasional menjadi binaan Kanwil Depkes Provinsi D.l. Yogyakarta. Tiga tahun pertama lembaga ini berpindah dari satu lokasi ke lokasi yang lain, karena tidak memiliki gedung yang definitive, hingga akhirnya Sekolah Perawat Yogyakarta yang awalnya bertempat di depan hotel Ambarukmo, pada akhir tahun 1979 atas prakarsa Depkes menempati fasilitas Rumah Sakit Khusus Kebidanan di Mangkuyudan Yogyakarta sampai sekarang.

    Pada tahun 1984-1997 menyelenggarakan program suplemen yang row inputnya berasall dari pembantu perawat dan bidan dengan lama pendidikan 1 tahun, dan kelulusannya sebagaii perawat kesehatan. Tahun 1988-1997 menyelenggarakan Program Pendidikan Bidan A dengan lama pendidikan 1 tahun dengan latar belakang SPK dan lulusannya ditempatkan sebagai bidan desa. Pada tahun 1993-1994. Pada tahun ini SPK Yogyakarta menyelenggarakan program pendidikan Diploma Bidan 1 tahun sebanyak 3 angkatan. Pada tahun 1994-1996 SPK Depkes Yogyakarta melaksanakan Crash program dengan lama pendidikan 1 tahun, row inputnya berlatar belakang pendidikan lulusan SMA Biologi dan Fisika. Tahun 1995-1996, SPK Depkes Yogyakarta menyelenggarakan Akademi perawat Kesehatan dengan row inputnya dari lulusan SMA Biologi dan Fisika dengan lama pendidikan 3 tahun dan lulusannya sebagai Ahli Madya Keperawatan.

    Pada Tahun 1997-2001 SPK Depkes Yogyakarta berubah menjadi Akademi Kebidanan dan menyelenggarakan pendidikan D Illl Kebidanan yang peserta didiknya berlatar belakang pendidikan Bidan A, post SPK dan lulusan SMU A1, A2 dan lPA. Tahun 2001 AKBID Depkes Yogyakarta di merger dengan lnstitusi Kesehatan milik Depkes yang lain yang ada di Yogyakarta menjadi Politeknik Kesehatan Yogyakarta dan menjadi Jurusan Kebidanan berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial Rl No 298/Menkes-Kessos/SK/IV/2001 Tentang Organisasi dan Tata Keria Politeknik Kesehatan.

    Jurusan Kebidanan menyelenggarakan pendidikan Diploma III Kebidanan mulai tahun 1997, dengan raw input Lulusan D1 Bidan. Pada Tahun 1998 mulai membuka DIII Bidan dari jalur Reguler (SMA). Tahun 2008 Membuka Program Studi DIV Bidan Pendidik, dan berganti menjadi DIV Bidan Klinik pada Tahun 2012, dan menjadi DIV Kebidanan dengan latar belakang SMU Tahun 2013.

    Jurusan Kebidanan merupakan institusi pendidikan kebidanan yang bernaung di bawah Poltekkes Kemenkes Yogyakarta, yang dibentuk oleh Kementerian Kesehatan mempunyai tugas meningkatkan derajat kesehatan masyarakat melalui pendidikan Kebidanan. Untuk mencapai visi keilmuan dalam bidang Kebidanan Jurusan Kebidanan Poltekkes Kemenkes Yogyakarta selalu meningkatkan dan mengembangkan pendidikan berdasarkan kemajuan IPTEK. Jurusan Kebidanan Poltekkes Kemenkes Yogyakarta saat ini memiliki 3 (Tiga) Program Studi, yaitu Program Studi Diploma III Kebidanan, Program Studi Sarjana Terapan Kebidanan dan Program Studi Profesi Bidan. Jurusan Kebidanan Poltekkes Kemenkes Yogyakarta memperoleh pembiayaan dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN) dan BLU Poltekes Kemenkes Yogyakarta.